Il 1997 e il 1998 hanno permesso alle ONG della Svizzera italiana di incontrarsi per regioni geografiche, di conoscere l'attività della DSC nei diversi paesi e di iniziare un lavoro di confronto e di dialogo. Il bisogno di poter accedere a corsi di formazione per i responsabili delle ONG ha permesso alla CONSONO di organizzare una serie di momenti formativi (6 momenti formativi in collaborazione con l'IUED di Ginevra) che hanno generato dinamiche nuove e interessanti tra le ONG. Nasce la necessità di verificare la possibilità di costituirsi in una aggregazione/federazione di ONG.
A questo proposito, nel 1998, viene costituito un gruppo di lavoro eletto da un gruppo di ONG che hanno aderito ad un invito della CONSONO. Il gruppo di lavoro è rappresentativo delle presenza di ONG nel territorio della Svizzera italiana. A presiedere il gruppo è chiamato Pierluigi Togni e Massimo Chiaruttini è nominato Segretario. Facevano parte del gruppo di lavoro: Gabriele Banchini, Andrea Banfi, Marzio Della Santa, Luigi Gianinazzi, Mimi Lepori Bonetti, Federico Mari, Sylva Nova, Roberto Poretti, Alessandra Sagramoso e Pietro Soldini. Il gruppo regolarmente dava riscontro dei lavori all'Assemblea delle ONG. Nel frattempo, grazie ai corsi organizzati dalla CONSONO diverse ONG iniziano ad accedere ai contributi della DSC; diverse manifestazioni pubbliche vengono organizzate con relatori provenienti dalla cooperazione Svizzera; nasce una rete di contatti con altre Federazioni di ONG presenti nel Canton Ginevra e nel Canton Vaud. Il Presidente della Federazione delle ONG di Ginevra è invitato più volte e partecipa alla costituzione della FOSIT.
Durante l'Assemblea del 29 marzo del 1999 che vede riunite ufficialmente 49 ONG della Svizzera italiana viene costituita ufficialmente la FOSIT, vengono approvati gli statuti e la carta dei principi. A presiedere la FOSIT è chiamata Mimi Lepori Bonetti, membri del Comitato sono Gabriele Banchini, Marzio Della Santa, Remo Leuzinger, Federico Mari, Pietro Soldini e Pierluigi Togni. Nel giugno 1999 viene scelto il Segretario della FOSIT nella persona di Claudio Naiaretti, durante l'estate viene organizzato il Segretariato della FOSIT. Il logo viene scelto attraverso un concorso pubblico. Nel 2000 Pietro Soldini lascia il Comitato, gli subentra Claudia Soldini. Nel 2002 Alessandra Sagramoso subentra a Marzio della Santa.
L'Assemblea del 16 aprile 2003 rinnova il Comitato, giunto al termine della sua prima legislatura, nominando Mimi Lepori Bonetti (presidente), Remo Leuzinger, Federico Mari, Claudia Soldini, Alessandra Sagramoso. Osvaldo Arrigo e Marcello Martinoni subentrano a Pierluigi Togni e Gabriele Banchini dimissionari.
Il 1° gennaio 2005 vede un avvicendamento in seno al segretariato. Dorothy Prezza assume il posto di segretario generale occupato sino a quella data da Claudio Naiaretti. L'Assemblea del 20 maggio 2005 procede alla nomina in seno al Comitato di Pierre Agbomemewa e Wilma Minoggio in sostituzione dei dimissionari Claudia Soldini e Federico Mari.
Il 2007 segna per la FOSIT una doppia svolta con il primo avvicendamento alla presidenza e l'entrata in vigore del nuovo accordo con l'allora Sezione ONG della DSC (oggi Divisione Partenariati Istituzionali) che prevede la gestione da parte della FOSIT di un credito per i progetti al Sud delle ONG della Svizzera italiana. L'Assemblea Generale del 15 giugno 2007 elegge Pierluigi Togni quale Presidente per il quadriennio 2007-2011 e nomina Mimi Lepori Bonetti Presidente onoraria. Antonella Borsari e Laura Stumm subentrano in Comitato in sostituzione di Remo Leuzinger e Osvaldo Arrigo. Nel 2008, Isabella Medici Arrigoni entra a far parte del Comitato subentrando all'uscente Alessandra Sagramoso.
Una anno più tardi, con l'Assemblea Generale del 29 aprile 2009, avviene un nuovo cambio in seno al comitato, con Laura Stumm e Pierre Agbomemewa che lasciano il posto a Hervé Mavakala Keto e a Piergiorgio De Gasparo.
